Диагноз: через неопределенное время работы Ubuntu перестает реагировать на нажатие кнопок мыши.
Варианты решений:
1) Убить иксы и перезапустить тем самым рабочий стол. Помогает 100%.
2) Мне вроде как помогло предложение отключить в BIOS опцию USB Legacy Support.
Интересно, что у меня такая проблема возникает исключительно на компьютерах с интегрированным видеоадаптером Intel GMA.